Zgodnie z ustawą z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2020 r. poz. 505) Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej jest organem wyspecjalizowanej administracji rządowej, podlegającym Szefowi Krajowej Administracji Skarbowej i wykonującym zadania znajdujące się w zakresie właściwości określonej ustawowo. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wykonuje zadania na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej przy pomocy Krajowej Informacji Skarbowej. Minister Finansów w drodze zarządzenia określa organizację Krajowej Informacji Skarbowej oraz nadaje jej statut.

• Rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z  24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (Dz. U. z 2017 r., poz. 393).
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów  (Dz. Urz. Min. Fin. z 2017 r. poz. 41 z późn. zm),
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie utworzenia delegatur jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz terytorialnego zasięgu ich działania i siedzib  (Dz. Urz. Min. Fin. z 2017 r. poz. 42).

Krajowa Informacja Skarbowa jest państwową jednostką budżetową i prowadzi gospodarkę finansową według zasad określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz. U. z 2019 r. poz. 869 ze zm.).